记载：“今上每日卯时起，子时眠，每日睡眠不过三个时辰，处理奏疏六百余份，累年如此。”
万历二年正月，大食民变平息，孙传庭京察南直隶。
三月，三千余官员遭孙传庭论罪，二万余吏员被捕，国子监举人、秀才补位一空，京察暂缓。
四月，科举与吏考如期举行，选调进士九百人，举人八千四百，吏员三十二万。
四月十七，祝续之孙祝祯中二甲进士，擢其赴任碛北布政司长山府同知。
同月，江东诸府大旱不雨，飞蝗蔽天，官令捕之，朱常清急调南洋粮八百万石平抑粮价。
六月，两京、山东、河南、浙江、湖广皆大旱，急调东北常平仓二千万石米麦南下平抑。
七月，北方蝗虫起，两京、山东、河南、湖广、陕西、甘肃、南直隶遭遇蝗灾，受灾耕地面积超五亿亩，受灾百姓超一亿。
朱常清调海内外常平仓粮入中原赈灾，东北及南洋、碛北皆无余粮，唯南洲北调粮五千万石北上。
八月初二，钦天监上疏称太阳黑子活动减弱，可能会造成大气中的辐射量减少，让瘟疫更容易滋生，请朝廷警惕。
初三，朱常清令诸司警惕瘟疫，报纸通报各地，广播每日提醒，另拨钱五百万两，令各地医学院备疫苗及抗生素……
十月初二，陕西定襄府一人偶生一赘肉并隆起，不过一个时辰便立死，其家属报案，定襄府立即封禁关口，铁路停摆。
初三，大同、宁夏、太原、京畿出现同症状者，朱常清令北方铁路停摆，居民不可出屋舍，由衙门派送口罩。
医学院称其为鼠疫，患此症者十死四五，若有一人发，则一家数人并死。
鼠疫持续六十二日，死难者十二万六千余，终被平定。
万历三年至万历六年，秦岭长江以北亦或者大旱，亦或者瘟疫，亦或者蝗灾。
长江以南，亦或者地震
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