清闻大怒，令锦衣卫将孙之獬架出武英殿，流配岭北。
除夕，朱常清改元万历，是为万历皇帝。
万历元年四月，孙传庭等京察北直隶结束，涉事官员六千五百七十四名，吏员五万五千八百余人，查抄所获的国债、现钱、田亩、府邸折色为七千二百余万两……
二月，陕西布政司上疏称陕北数年无雨，草木枯焦，颗粒无收，乞请蠲免，平抑粮价，
二月下旬，朱常清调渤海常平仓二千七百万石入关中。
三月，再调碛北地区六百万石入关中。
五月，苏、松、湖等府的吴江、归安等地昼夜倾盆大雨，水势骤发，霎时汹涌，不分堤岸，屋宇倾倒。
截至六月初十，因灾死亡二千四百六十人，失踪七千二百七十五人，紧急转移安置二百余万人，农作物受灾、绝收三千六百七十二万亩。
得知消息，朱常清发国库五百万两赈灾。
七月初二，南直隶上奏因江东水患倒塌房屋十六万间，损坏房屋四十二万余间，受灾人口七百六十八万余……
初五，朱常清再发国库八百万两赈江东水灾。
八月初二，北方直隶、山东、河南、山西、陕西诸处常平仓告饥，朱常清令南洋协调二千万石北上，令渤海、大明、辽东三地秋收协调粮食一亿五千万石南下。
九月十五，山东遭遇蝗灾，山东布政司上奏：“蝗遍野盈尺，百树无叶，赤地千里……”
十六日，朱常清令辽东走海运五百万石入山东平抑粮价。
十月，孙传庭京察北方诸司，杀贪腐赈灾款项之官吏一千二百八十六人，羁押官员五千四百八十人，吏员一十六万计数，请开吏考。
十月二十五日，朱常清批准科举、吏考于次年四月。
二十七日，朱常清批阅奏疏过多而不豫，病榻休养三日。
此时负责记载朱常清生活的起居注官王淼
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