室町幕府建立之初就是个畸形产物，幕府中存在一大批既在幕府中枢世袭垄断实权要职，又在地方拥有大量领地的守护大名，代表就是所谓的“三管四职”，也就是斯波、细川、畠山、赤松、山名、一色、京极等家族。
面对以“三管四职”为代表的守护大名，室町幕府的将军也没有更好的办法，从初代将军足利尊氏开始，室町幕府的将军对付以这些人最常用也最好用的办法就是挑事，即让守护大名彼此之间斗个不亦乐乎，幕府将军再出来调解或镇压，以此加强权威。
而除了“三管四职”这些室町幕府内部的实力派，足利义持还得面对同出一宗的“镰仓公方”。
所谓“镰仓公方”，指的是室町幕府初代幕府将军足利尊氏在开创幕府的时候，为了对抗南朝，不得不把幕府设在京都，而在武家的重心关东，尊氏分封给了自己的儿子足利基氏，治所在镰仓，是为“镰仓公方”。
镰仓公方统辖着关东八国及伊豆、甲斐两国，上述十国的守护大名与关东管领，镰仓府均有任免权，可以说镰仓公方就是关东的幕府将军。
同时，镰仓府的组织与幕府几乎完全相同，有时又被称为关东幕府。
到了足利义持这一代，双方的矛盾已经非常尖锐了，镰仓公方常有“彼可取而代之”的想法，事实上，如果历史线不走歪的话，再过三十年，镰仓公方就会出现公然对抗幕府的“永享之乱”，最终兵败，镰仓公方血脉一时断绝。
所以，幕府内部实际上相当于有两个幕府，一个京都的室町幕府，一个镰仓公方的关东幕府，两个幕府都是足利氏，但此时经过数代传承加上权力斗争，已经形同陌路。
而京都内部，还有大内（天皇）、花之御所（幕府将军）、御所台（日野康子）、鹿苑院（佛家）等不同立场的派系。
幕府之外，还有各地跟室町幕府从来都不是一条心的实力大名，以及奥州探题、羽州探题、九州
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