气变冷，高雅之急躁起来，抢先向盘据余姚的孙恩部发动进攻。
孙恩陈兵甬江平原，利用地势防御，与北府军激战。孙恩部战败谢琰时得到了一些北府军的辎重，不少人换上了皮甲，拿到了锋利的刀枪，勇气倍增，
余姚北有五磊山，南面四明山，分为南北屏障，甬江(余姚江)由西向东从狭长的平原上穿过入海，易守难攻。
孙恩部据险而守，北府军进展缓慢。桓不才和孙无终见高雅之发动攻击，生恐战果落入高雅之之手，相继加入战斗。
看到北府军倾巢而出，孙恩抓住战机，命其妹夫卢循率领水师自海上绕道上虞。卢循，东汉卢植后人。
北府军屯粮山阴，山阴至余姚必经上虞，卢循忽至，占据上虞，截断了北府军的补给线。
没有粮食补给，北府军不战自溃，孙恩趁机率军冲杀，北府军大败，战死者十之七八，元气大伤。
消息传至建康，京城为之震动，不少人纷纷离京避乱。
朝庭此时除了中军之外，唯一能平叛的军队只有京口刘牢之的北府军。
司马元显别无选择，只得加封刘牢之镇北将军，都督会稽五郡军事，率领两万北府军南下平定孙恩。
八万北府军，经过王恭、谢琰、高雅之等多次变故耗损，所剩已不足半数。
两日后，刘牢之率军到达会稽山阴城。分析战况之后，刘牢之敏锐地查觉到上虞的重要性，亲率三千兵马坐镇。
针对盘据在余姚等地的孙恩叛军，刘牢之严令各县据城而守，遇叛军来攻则固守待援。
一静还有一动，刘牢之派刘敬宣、何无忌、刘裕等将领齐头东进攻打余姚等城，收复失地，压缩叛军的空间。
刘牢之严令不准突进，进攻的队伍彼此响应，遇敌则互相支援，这让孙恩深感棘手。
与北府军交战不胜，诱敌不成，水师偷袭无路，孙恩被逼得节节后退。
半个月后，被逼得走投无路的孙恩，不得不再次率军从浃
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