在侵华战争中，日本公然违背国际法，在中国研制和使用细菌武器，进行细菌战，大量残杀中国人民。臭名昭著的“第731部队”、“第100部队”等细菌战部队，总人数达2万余人。他们还对实验对象进行活人解剖。每年用于试验的人达400—600人。据不完全统计，从1939年—1945年8月，“731部队”至少残害了3000多人。
从1940年下半年开始，侵华日军开始大量使用细菌武器，如感染力强、传染迅速、杀伤力大的霍乱、伤寒、鼠疫、炭疽病等菌种，以及白喉、痢疾等细菌。日军进行细菌战的区域遍及华北、华中及重庆等广大地区，残杀中国军人和无辜居民数十万人。
除使用细菌武器外，日本还从侵华战争一开始，就使用化学武器。日军还在中国居民区施放毒气，并在水井和河水中投毒。据不完全统计，日军在侵华战争中，使用化学武器2000多次，地点遍及中国的18个省区，给中国军民造成9万余人的伤亡。日本投降时，尚有200余万发毒气弹遗弃在中国各地，给当地居民留下严重的伤害和隐患。
不择手段的经济掠夺，用中国人民的钱来养军队反打中国。
一是强征粮食和原料，供给前线日军或运回日本。在中国东北，日本强制购销粮食，强迫农民将生产的大部分粮食按伪政府规定的最低收购价格交售。在关内，日军变相抢掠军粮。1939年，日本仅从华中就运走大米7亿升，1940年则增至9亿升以上。此外，日本还大肆掠夺中国的矿产资源。
二是垄断工农业、交通和贸易等，进行资本输出。1937年5月，日本通过伪满政府公布了“重要产业统制法”，把21种工业产品置于日本控制之下。
三是控制金融，大量发行纸币，榨取占领区人民的财富。日本在中国东北大量发行伪“满元”。在关内，1937年11月至1941年1月，日本分别在张家口、北平、上海和
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