现代的刺客组织，并继续读取另一位传刺客的记忆，希望能够借此阻止圣殿骑士的阴谋。
原来，圣殿骑士和刺客组织的恩怨早已经绵延数千年直到现在，圣殿骑士的势力已经渗透进了政治、经济、化等方方面面，而abstergo其实是圣殿骑士的势力。
这次，戴斯蒙所看到的记忆属于艾吉奥·奥迪托雷，一个活跃在艺复兴时期的刺客。
很显然，从阿泰尔到艾吉奥，间跨越了数百年的历史。
艾吉奥本来是一名银行家的儿子，过着无忧无虑、打架泡妞的生活。但，他的父亲和兄弟却被背叛、陷害，被当众绞死。
艾吉奥在复仇**的驱使下走了刺客的道路，并在他的叔叔马里奥那里了解到了刺客信条的含义以及各种刺杀和战斗技巧。他开始追踪并刺杀那些密谋害死他父亲的圣殿骑士们，从佛罗伦萨到圣吉米纳诺，再到威尼斯，并最终从圣殿骑士那里得到了金苹果和阿泰尔密函的信息。
在抢夺金苹果后，艾吉奥正式加入刺客兄弟会，但在他们回到佛利城的途却遭到了圣殿骑士军队的攻击，艾吉奥受了伤，金苹果也被夺走。
艾吉奥回到弗洛伦萨，成功夺回苹果。随着艾吉奥收集的阿泰尔密函越来越多，刺客组织也从拼出了一个世界地图并通过苹果找到了更多的神秘地点。艾吉奥为了进入地下密室，独自闯入西斯廷教堂，击败了教宗亚历山大六世并打开地下室的隐藏通道，从先行者口得知了人类在未来将会面临重大灾难的预言。
艾吉奥和叔叔马里奥回到了蒙特里久尼，但这里再度遭到圣殿骑士的攻击，叔叔马里奥被杀，艾吉奥枪逃走，金苹果也再次落入了圣殿骑士手。
艾吉奥来到罗马，不断地削弱圣殿骑士的势力，夺回金苹果的艾吉奥在苹果的指引下，把它藏在了罗马斗兽场下的神殿，等待着五百年后某个人的出现。
艾吉奥稳固了刺客组织在意大利的势力，将整个
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