长江水师与夔东诸军会合后，稍事休整便溯江而上，直指重庆。一场战斗下来，清军的重庆水师大败，残余舰只逃入嘉陵江，从而使重庆清军基本丧失了对夔东基地的威胁。
之后长江水师分为两部，一部继续监视牵制重庆，一部则配合讨朔军作战。而监视重庆的分舰队便由段智英率领，在重庆至奉节的江面上来回巡弋警戒。
永历十二年，顺治十五年（1658年）七月，十二月，夔东十三家为牵制清军南下云贵，曾两次围攻重庆。第一次因为兵力不足，被率领主力回防重庆的吴三桂击败；第二次则因为仁寿侯谭诣刺杀涪侯谭文，率部降清，导致战役全局逆转。
尽管夔东十三家两次攻击重庆失利，但重庆清军并没有太大的优势，而清廷用兵的主攻方向始终被西南崛起的明军所牵制，无论是在兵员，还是在物资上，都不可能给予重庆以支持。
而对清廷来说，走甘陕，经保宁，来保障对重庆的补给本身便是个沉重的负担。如果重庆驻扎的军队不是现在的两、三万兵马而是十万大军的话，那么清廷的积蓄就会在这里被大量地消耗，无法在其他战线上与明军作战。
所以，重庆的清军没有多余的粮饷，既不能对夔东十三家展开战略进攻，也无法跨越荒芜的地区，抵挡缓缓逼来的川中明军。加上无法抵挡长江水师的大舰重炮，重庆清军反倒要担心被切断嘉陵江水道，粮饷被彻底截断。而吴军于黔省反正后，重庆清军又面临着明军由遵义、桐梓来攻的威胁，形势进一步恶化。
明军舰队溯流而上，缓速而坚定地接近了重庆，四川巡抚高明瞻带领文武官员登上城楼。紧张地望着开来的明军舰队。
“看敌军的舰队数量，肯定载兵不多——”高明瞻捻着胡须，煞有介事地分析道：“这次又是前来威吓，不是来进攻我们的……”
“巡抚大人高见。”
“大人一语中的，敌人只仗水上优势，哪敢登陆进攻？
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