尽管让哱拜、哱承恩等人逃走了，但宁夏之役仍然可以算是大获全胜。朝廷调用的兵力远比预想的要少，而战事的持续时间也大大缩短，节省下来的军费十分可观。
叶梦熊手下的书吏忙着写报功文书，对于参战各将领的功劳分配，自然是要颇费一番心思的。好在苏昊主动谦让了攻克宁夏城的功劳，萧如熏知道自己根基尚浅，能够当上宁夏总兵官已经是很不容易，因此也不再与李如松争功。这样一来，宁夏之役的首功就算到了李如松的头上，也不枉他劳师费力地跑一趟了。
首功之下，萧如熏、苏昊、马千乘分别领了次功，然后就轮到各部的中下层军官以及有突出表现的士兵。徐光启、郝青等技术人员也都名列请功名单之上，在这样的大胜利面前，估计朝廷也不会吝惜这些功名的。
按照朝廷事先的安排，收复宁夏城之后，萧如熏的宁夏总兵职位依然保留，统领宁夏诸卫兵马。他把自己原来所带的平虏所军将都普遍升了一级，让他们分任各卫所的千总、百总等职。至于再上一级的参将、游击将军等位置，就只能等兵部再安排人来担任了。
宁夏城里被刘东旸、哱拜裹胁参加叛乱的官兵受到了严格的甄别。有罪行的官兵被夺去军户身份，送往煤矿当苦力。普通军官被调离原来的队伍，降职甚至贬为普通士兵使用。至于原来就是士兵的，现在贬无可贬，也不宜责罚，只能继续保留使用。不过，他们头顶上的罪名还要再扛一段时间，萧如熏发下号令，说如果这些士兵在一段时间内再有什么违犯军令之类的过错，就要二罪并罚，予以严惩。
除了那些被送去挖煤的军士之外，其余参与了叛乱的官兵都有一种劫后余生的感觉。在朝廷大军兵临城下之时，他们觉得自己已经是末曰来临，城破之曰就是他们的断头之时。谁料想，朝廷大军顺利地攻破了城墙，却没有对他们大开杀戒。区区的降职或者警诫几乎不能算是惩罚，能够活下来就算是万幸了。
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