四月十二日，洪承畴在汝州（今河南临汝）大会诸将，商议围剿农民军于陕西，洪承畴令邓玘尤翟文等驻樊城，防守汉江；左良玉汤九州控吴村瓦屋，守浙水之要道；尤世威陈示福徐来朝分驻永宁庐氏山中，以扼雒南朱阳之险。洪承畴亲统大军，与曹文诏一起入潼关进剿。
六月二十八日，在真宁湫头镇（今甘肃正宁）被农民军包围，自刎而死。
流贼之间虽然多有矛盾，但是在官兵的压力下，分分合合，这一年再次汇聚在陕西。
洪承畴的围剿效果并不明显，流贼从开始躲着官军主力流动作战，到敢于击中兵力打击官军，完成了一个漂亮的转身。这个转身的成果，体现在曹文昭身上。再次让洪承畴的围剿战略破产。面对善于游动作战的农民军，洪承畴只能处处围堵，没有足够的兵力去消灭农民军。时间到了八月，明廷以洪承畴一人不能兼顾，遂擢卢象升总理江北河南山东湖广四川军务，兼湖广巡抚。总督洪承畴办西北，象升办东南。不久，解巡抚任，进兵部侍郎，加督山西陕西军务，赐尚方剑，便宜行事，围剿农民军。
中原之事，登州营被排除在外，不是兵部不想调动登州营，而是害怕又起冲突。相比于登州营在中原官场的跋扈之名，在长江以南的官场，则对登州营的评价比较正面。尤其是南直隶巡抚张国维，屡次上书朝廷，要求把登州营调往徐州和南直隶布防，确保东南税赋重地的安全。针对这一请求，朝廷内部也吵的很凶，一直没有明确的定论。一方面是目前两位围剿大臣洪承畴和卢象升都不希望陈燮，另一方面则是朝廷面临的财政枯竭，不能无视登州营的存在。更有一些清流京官，出于政治目的，拿登州营的事情来说事，攻击温体仁。好像登州营不能得到正确使用，都是温体仁的责任。
暂时置身事外的陈燮，自朝鲜回来之后，立刻加快了军队建设的步伐。考虑到国内战场今后可能出现的大面积混乱的局面，登州营看似兵力充沛，一旦
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