整编军议的一开始，就宣布了汝宁军各支军团的组成和主官的任命。汝宁军的武装力量分为了战兵、民团和护庄、护路、护矿队。吴世恭将成为武装力量的最高指挥。
薛永利将为整支汝宁军战兵的正统领，周巡为副统领。但是他们在平时只能够指挥战兵军团，用现代的话来说，就是只能够指挥野战部队。只有在战时，在吴世恭的授权或者紧急状态下，他们才可以指挥就近的汝宁军其他武装力量。
而在这里，战兵将是全脱产、拿军饷的兵丁组成，武器装备也是最好，他们将是未来作战的主力。而这次汝宁军的战兵将增至一万五千人；
民团也升格为二线部队，也是全脱产，不过武器装备差一些，军饷也低一些。民团的主要任务就是防御要塞和维持地方的作用，还有在作战时起到运输和辅助的作用。形象地形容一下，就象是现代的武警部队一样。这次最终商议，民团建立了十二个，每个民团五百人，共六千人。
但其中有一个民团将比较特殊，就是余子琏为知县的那个民团。这个民团如何处置将由吴世恭和张学斌与姚员外这些归德当地士绅商议以后再做决定；
而护庄、护路和护矿队，就是半脱产的民兵组成了。他们将由退役的老兵率领，使用着汝宁军淘汰的武器和简陋的武器，为汝宁军控制地方起到作用。当然，在作战的时候，也能够辅助作战的。
由于吴世恭收容的难民增多，汝宁军将会让所有的适龄男丁共五万三千多人全部参加军训，并且规定每人在护庄、护路和护矿队每年服役一个月。因此在平时，这支民兵队伍将有四千五百人左右。但战时甚至可以总动员。
此外，还有薛强率领的一千五百人的内务司部队，他们平时将起到维持地方治安和剿匪的工作。当然，在剿匪的过程中，当获得授权以后，内务司可以让汝宁军的其他武装力量配合。
还有薛志农的山川司行动队和外围打行成员近五百
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